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Text File  |  1995-03-04  |  1.3 KB  |  33 lines
  1. **********************************
  2. * Ribosomal protein S5 signature *
  3. **********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein S5 is one of the proteins from the  small ribosomal subunit.
  6. In Escherichia  coli, S5 is known to be important in the assembly and function
  7. of the 30S ribosomal subunit.  Mutations  in  S5  have  been shown to increase
  8. translational error frequencies. It belongs  to a family of ribosomal proteins
  9. which, on the basis of sequence similarities [1,2], groups:
  10.  
  11.  - Eubacterial S5.
  12.  - Archaebacterial S5.
  13.  - Cyanelle S5.
  14.  - Mammalian S4 (LLrep3).
  15.  - Yeast S4 (SUP44).
  16.  - Drosophila and rat S2.
  17.  
  18. S5 is  a  protein of 166 to 254 amino-acid residues. The signature pattern for
  19. this protein  is  based  on  a conserved region, rich in glycine residues, and
  20. located in the N-terminal section of these proteins.
  21.  
  22. -Consensus pattern: [SAGV]-G-[KRQ]-x(3)-[FY]-x-[AC]-x(2)-[LIVMA]-[LIVM]-[AG]-
  23.                     [DN]-x(2)-G-x-[LIVM]-G-x-[SAG]-x(5)-[DEQ]-[LIVM]-x(2)-A-
  24.                     [LIVM]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27. -Last update: June 1994 / Text revised.
  28.  
  29. [ 1] All-Robyn J.A., Brown N., Otaka E., Liebman S.W.
  30.      Mol. Cell. Biol. 10:6544-6553(1990).
  31. [ 2] Otaka E., Hashimoto T., Mizuta K.
  32.      Protein Seq. Data Anal. 5:285-300(1993).
  33.